第６の謎は祭神である。これも神社名と同様に、なぜ大 己 貴 命と少 彦 名 命になったのだろう。
　明治という新時代を迎えて、新たなる近代日本の国家建設の願いをこめて、この二柱の神を祭神に迎えたという説がある。
　たしかに、日本書紀と古事記にはこの二柱の神が協同して、古代の日本の建設のために働いたという記事がある。だが、これは土着の神、すなわち被征服民である国津神の大己貴命と征服民である天津神の少彦名命に協同作業をさせたいという政治的意図から作られた神話である。
　それに加えて、大己貴命の「大」と少彦名命の「少」とが対をなすから、なんとなく人々に受け入れやすい印象もある。
　しかし、表にあるように両神をともに祀る神社は意外に少ないのである。これは後に説明するように、望月氏の系図に登場する地名のある県、すなわち静岡、山梨、長野、岐阜、愛知五県の神社を、史学センター発行の全国神杜名鑑から数え上げたものである。
　静岡県についていえば、穂積神社のほかには両神とも祀る神社は一社しかない。山梨県がやや多いが、ほかは長野県、岐阜県、愛知県とも静岡県と似たような数字になっている。
　もし、上のような理由から祭神を決めたならば、大己貴神と少彦名命の両神をともに祀る神社がもっと多くてもよいはずであろう。それが意外に少ないのである。
　山にあるのだから大山津見神でもよかったのではないか。木花開耶姫命との相神も考えられただろう。
　大己貴命、大国主命、大物主命はみな同じ神である。福徳の神として、大国主命の名のみでもよかったはずである。反対に、少彦名命を単神として祭神としても差し支えなかったろう。
　皇室の祖先神の天照大神ではなぜいけなかったのだろう。この神を祀った神明社は全国に数多く散在する。
　以上のように両神を祭神に選んだ理由は明かでないのである。
　明治はじめといえば、人々はまだ宗教的呪縛からは解放されていない。祭神はその神社を信仰する人々にとっては、現代の我々が想像もできないほどに何物にも替えがたい精神的な拠り所だったのである。
　また村や講の人々が団結する中心にいるのがその神社の祭神である。祭神を祀ることで、人々は自分たちがこの神のもとに共同し連帯していることを確信し、かつ確認しあうのである。
　このように重要な祭神を曖昧な理由で決めるなどは、神をないがしろにするばかりか、その神を信ずる人々自身の自己否定にもつながる。ありうることではないのである。
　「名は体を表す」という。神社としての穂積神社を名とすれば、祭神としての大己貴命と少彦名命は体であろう。すべてのものは名と体が有機的に結合して存在する。だから、名と体とを分離し、それぞれについて論じても正しい解答は得られない。
　要するに穂積神社という神社名と祭神の大己貴命・少彦名命とは両々相まって論じられるべきなのである。
　明治天皇は明治神宮の祭神であり、平安京を築いた桓武天皇は平安神宮に鎮座する。同じ天皇だからといって、この逆はありえない。